В бассейне Немана имеется множество мелких озёр, озёрность достигает 2,5 %. Питание смешанное с преобладанием снегового, в низовьях — дождевого. Средний расход воды 678 м³/сек. Весеннее половодье с середины марта до конца мая; летом межень, прерываемая дождевыми паводками, более характерными для осени и зимы. В устье в межень существенна роль сгонов и нагонов воды ветром. Осенний ледоход с конца ноября по декабрь. Замерзает обычно в декабре, но зимой возможно временное вскрытие и ледоход. Вскрывается в конце марта, иногда в феврале или апреле. Неман имеет около 180 притоков, главные из которых — Свислочь, Мяркис, Вилия (Нерис) (510 км), Нявежис, Дубиса, Юра и Миния (правые), а также Щара (325 км) и Шешупе (298 км), Зельвянка (170 км), Уша (105 км), Молчадь (98 км), Россь (длина 80 км), Сервечь (63 км), Лоша (45 км) — (левые). А также Лососянка, Городничанка — в черте г. Гродно
